余姓起源有三：

1、据《风俗通》载，余姓为“由余之后，世居歙州，为新安大族，望出下邳、吴兴”。春秋时，秦国有个臣医叫由余，他的祖先是晋人，避乱于西戎。由余本来在西戎为官，后奉命出使秦国，见秦穆公贤德大度，就留在秦国为臣。他为穆公谋划征伐西戎，使秦国成为西方霸主。他的后代子孙以其名字为姓，有的姓由，有的姓余，同出一宗。

2、 出自赤狄族，为隗姓之后。据《国语》载，“潞、洛、泉、余、满五姓，皆赤狄隗姓。”

3、系铁木复姓所改，为元太祖成吉思汗（铁木真）的后代，出自铁穆氏宰相之家。相传铁穆宰相乃是忠臣，太祖听信谗言，要捉拿铁穆宰相的五个儿子。五子星夜出城，逃至贵州，见太祖亲领追兵前来，就躲在凤锦桥下。追兵到来时，有人见桥下水波动荡，提出可疑，太祖未加细查，随口说：“江中有水，水中有鱼，何必大惊小怪，快快继续向前追赶。”铁穆氏五兄弟逃脱后，原想改铁穆氏为金氏，最后决定改为余氏。“余”比金字少一横，又是“水中有鱼”的鱼字的谐音，堪称一字双关。