炀帝至雁门，被突厥所围。瑀自奋战突厥果解围。然帝素意伐辽，令瑀为河池郡守。既至郡，有山贼众万人，寇暴纵横，瑀募勇士，击降之。所获财富，咸赏有功。后薜举遣众数万，侵掠郡境。瑀击之，自是郡中复安。

李渊入京师，遣书招之，瑀以郡归国，授光禄大夫，封宋国公，拜民部尚书。李世民攻洛阳，萧瑀为府司马。武德元年，迁内史令，时军国草创，天下未宁，李渊委发心腹，凡诸政务，莫不关掌。国朝仪，亦贵成于瑀。瑀孜孜不倦，努力自勉。每上奏，必见纳用，高祖手敕曰：“得公之言，社稷所赖，故赐黄金一函，公勿推退”。李世民为雍州牧，以萧瑀为州都督。李世民平定五世充，萧瑀以预军谋之功，拜尚书右仆射，负责官员考绩。

太宗即位后，萧瑀为沿书左仆射，贞观初年为太子少师，左仆射。

萧瑀出生于帝王之家，深通封建法变，但心情偏厥，论议明辨，却又不容人短，和朝庭大臣房玄龄、魏征常不和。太宗不高兴，任瑀为晋州都督，晋王为皇太子，拜萧瑀太子太保，同中书门下三品，贞观二十一年（647）授金紫光禄大夫，复封宋国公。

卒于公元644年，享年七十四岁， 谥贞福公，陪葬昭陵。

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