据孔善广在《清朝康熙年代南海县县衙编制、开支及与现在对比》一文引用《[康熙]南海县志》的数据介绍:清代南海县衙编制如下:

1.县衙：140人
知县 1人  
县丞 1人  
典史 1人 儒学教谕 1人、训导 1人
吏书 12人  
门子 2人 书办 1人 书办 1人 书办 1人
皂隶 16人 门子 1人 门子 1人 门子 5人
马快 8人 皂隶 4人 皂隶 4人 膳夫 2人
民壮 50人 马夫 1人 马夫 1人
灯夫 4人  
监卒 8人  
轿伞扇夫 7人  
库书 1人  
仓书 1人  
库子 4人  
114人 8人 8人 10人
  
知县1人
县丞1人
典史1人
儒学教谕1人、训导1人
配备给知县的有如下人员：
吏书 12人
门子 2人
皂隶 16人
马快 8人
民壮 50人
灯夫 4人
监卒 8人
轿伞扇夫 7人
库书 1人
仓书 1人
库子 4人
配属给县丞的有如下人员：
书办 1人
门子 1人
皂隶 4人
马夫 1人
配属给儒学教谕、训导的有如下人员：
书办 1人
门子 5人
膳夫 2人

2、巡检司24人
南海县设六个巡检司，分别为金利埠巡检司、三江埠巡检司、神按埠巡检司、黄鼎埠巡检司、五斗口埠巡检司、江浦埠巡检司。各有巡检司一人，及下属书办1人和皂隶 2人。

3、其他4人
河泊所：大使一人，下属书办1人和皂隶 2人。
传驿：有县驿、西南驿、安远驿、横石驿、官壮驿、怀远驿、递运所及不属于本县的按察司学驿称为八驿，雇有人马夫，人数不详。
以上不包括传驿的人员总数为168人.

清代县设长官一人，为知县事，正七品，主一县之政。佐贰官，县丞（正八品）一人，主簿（正九品）无定员。分掌粮马、户籍、征税、缉捕诸事，各设专署办公，称县丞衙（廨）、主簿衙（廨），各有攒典一人协助办事。属官，典史，未入品，掌稽检狱囚。

另设儒学教谕（正八品）、训导（正九品）各一人，「掌训迪生员及学政各事。」

县衙的职能办事机构，一般称为六房或六科，即吏、户、礼、兵、刑、工，是中央朝廷六部之缩影。