义熙八年（412年）刘裕伐刘毅时，诸葛长民驻守建康，“骄纵贪侈，所为多不法，为百姓患”[2]，刘毅被诛杀后，长民很害怕轮到自己：“‘昔年醢彭越，今年杀韩信。’祸其至矣！”。其弟辅国将军诸葛黎民劝他造反。诸葛长民犹豫不决，叹道：“贫贱常思富贵，富贵必履危机。今日欲为一布衣百姓，岂可得乎！”诸葛长民暗中写信给冀州刺史刘敬宣，找他一起造反。刘敬宣委婉拒绝，并将此事向刘裕报告。刘裕知道后，更坚定诛杀诸葛长民的决心。

刘裕一方面拖延归期，一方面命军队先返回建康候命。义熙九年（413年）刘裕班师回建康后，见到长民，笑谈如平日，命人大张宴席，两人开怀痛饮。等到长民大醉之时，卫士一拥而上，从背后用一根绳子将长民勒死。刘裕仍坐于原处饮酒，笑看诸葛长民的死状。诸葛长民死后，刘裕立刻派人杀长民的兄弟。大弟诸葛黎民“素骁勇，格斗而死”[3]；小弟大司马参军诸葛幼民逃到深山，被人告发抓回斩杀。